Lokomotif wap kelas 150 buatan Vulcan Foundry datang ke Jepun pada tahun 1871. Ini adalah salah satu lokomotif wap yang berjalan antara Tokyo dan Yokohama pada tahun 1872. Laluan ini merupakan landasan kereta api pertama di Jepun. Lokomotif wap ekspres Niseko menuju Otaru, Hokkaido

Keretapi adalah alat pengangkutan penumpang terpenting di Jepun, mempertahankan status ini sejak akhir abad ke-19. Dasar pemerintah mempromosikan kereta api sebagai sistem pengangkutan yang efisien untuk negara yang kekurangan bahan bakar fosil dan hampir sepenuhnya bergantung pada import.

Kawasan luar bandar berhampiran bandar besar diperoleh dengan murah oleh syarikat kereta api swasta dari akhir abad kesembilan belas, yang kemudian membina jalan yang menjadi tulang belakang pengangkutan bandar antara pinggir bandar dan bandar-bandar yang terbentuk di sekitar landasan kereta api yang memancar dari kawasan metropolitan, mirip dengan pertumbuhan pinggir bandar di sekitar landasan kereta api di negara lain.

Walaupun kecekapan ini, kemakmuran yang semakin meningkat dan pemilikan kereta yang berkaitan menyebabkan penggunaan pengangkutan jalan meningkat sehingga menjejaskan kereta api dari tahun 1960an. Bahagian relatif kereta api dalam jumlah kilometer penumpang turun dari 66.7 peratus pada tahun 1965 menjadi 42 peratus pada tahun 1978, dan 29.8 peratus pada tahun 1990, walaupun ini masih merupakan peratusan terbesar dari negara anggota OECD.

Angka itu adalah 43.5% (pada tahun 2001) di kawasan metropolitan terbesar di Jepun: Tokyo (termasuk Chiba, Saitama, Tokyo, dan Prefektur Kanagawa), Osaka (termasuk Kyoto, Osaka, dan Prefektur Hyogo), dan Nagoya. Kereta persendirian di Tokyo Raya menyumbang kurang dari 20% perjalanan harian kerana pemilikan kereta terhad kepada mereka yang mempunyai tempat letak kenderaan khusus.

Garis masa

• 1872 - Pembukaan landasan kereta api pertama Jepun antara Shinbashi (Tokyo) dan Yokohama oleh Masaru Inoue
• 1881 - Yayasan Kereta Api Nippon, syarikat kereta api swasta pertama di Jepun
• 1882 - Pembukaan Kereta Api Horonai, kereta api pertama di Hokkaido
• 1888 - Pembukaan Kereta Api Iyo, kereta api pertama di Shikoku
• 1889 - Pembukaan Kereta Api Kyushu, kereta api pertama di Kyushu
• 1889 - Penyiapan Laluan Utama Tōkaidō
• 1893 - Lokomotif wap kelas 860, lokomotif pertama yang dibina di Jepun
• 1895 - Pembukaan gerabak pertama Jepun di Kyoto
• 1895 - Pemerolehan kereta api Jepun di Taiwan
• 1899 - Pembukaan Kereta Api Keijin, kereta api pertama di Korea
• 1906 - Pembukaan landasan kereta api pertama di Karafuto
• 1906 - Yayasan Kereta Api Manchuria Selatan
• 1906-1907 - Nasionalisasi 17 kereta api swasta
• 1914 - Pembukaan Stesen Tokyo
• 1925 - Perasmian Laluan Yamanote
• 1927 - Pembukaan kereta bawah tanah Tokyo, kereta bawah tanah pertama di Timur
• 1942 - Pembukaan Terowong Kanmon yang menghubungkan Honshu dan Kyushu
• 1945 - Akhir Perang Dunia II; landasan kereta api rosak teruk
• 1949 - Kereta Api Kerajaan Jepun (JGR) disusun semula untuk menjadi sebuah syarikat awam milik negara yang diberi nama Kereta Api Nasional Jepun (JNR)
• 1956 - Penyelesaian elektrifikasi Laluan Utama Tōkaidō
• 1958 - Kodama, ekspres EMU pertama antara Tokyo dan Osaka
• 1960 - Hatsukari, ekspres DMU pertama antara Ueno (Tokyo) dan Aomori
• 1964 - Pembukaan laluan Shinkansen pertama antara Tokyo dan Shin-Osaka
• 1975 - Pemberhentian lokomotif wap dari semua perkhidmatan JNR (pengalih kekal sehingga 1976)
• 1980 - Enakmen Akta Pembinaan Semula JNR; laluan keuntungan rendah akan ditinggalkan
• 1987 - Penswastaan JNR; syarikat Japan Railways Group menggantikan bekas JNR.
• 1988 - Pembukaan Terowong Seikan yang menghubungkan Honshu dan Hokkaido
• 1988 - Pembukaan Jambatan Seto Ōhashi yang menghubungkan Honshu dan Shikoku